Theo đó, một là trường hợp được gia hạn thời gian sử dụng đất theo quy định, ngoài số tiền sử dụng đất phải nộp theo quy định, người sử dụng đất phải nộp bổ sung khoản tiền trong thời gian được gia hạn được xác định bằng (=) giá đất có cùng mục đích quy định tại bảng giá đất nhân (x) với hệ số điều chỉnh giá đất nhân (x) với mức tỷ lệ phần trăm (%) nhân (x) với diện tích tính thu tiền sử dụng đất nhân (x) với thời gian được gia hạn tại thời điểm cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép gia hạn thời gian sử dụng đất.

Hai là, trường hợp được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất nhưng không đưa đất vào sử dụng hoặc chậm tiến độ sử dụng đất so với tiến độ ghi trong dự án đầu tư mà không thuộc đối tượng được gia hạn thời gian sử dụng đất hoặc thuộc đối tượng được gia hạn thời gian sử dụng đất, nhưng không làm thủ tục để được gia hạn hoặc đã hết thời gian được gia hạn sử dụng đất theo quy định nhưng vẫn không đưa đất vào sử dụng và Nhà nước chưa có quyết định thu hồi đất; thì ngoài số tiền sử dụng đất phải nộp theo quy định, người sử dụng đất phải nộp bổ sung khoản tiền như sau:

Ba là, trường hợp dự án đầu tư có hình thức sử dụng đất hỗn hợp (giao đất có thu tiền sử dụng đất, giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất) mà nhà đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng thì việc khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt được tính theo từng loại diện tích.

Bốn là, giảm tiền sử dụng đất đối với đất thực hiện dự án đầu tư hạ tầng nghĩa trang, nghĩa địa để chuyển nhượng quyền sử dụng đất gắn với hạ tầng như sau: Trường hợp được Nhà nước giao đất từ ngày 27-12-2015 đến ngày thông tư này có hiệu lực thi hành, thuộc đối tượng được ưu đãi giảm tiền sử dụng đất và nộp hồ sơ xin giảm tiền sử dụng đất theo quy định thì được hưởng mức ưu đãi về giảm tiền sử dụng đất theo quy định tại thông tư này.

Năm là, trường hợp người được Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất trước ngày 1-7-2004 hoặc được Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm sau ngày 1-7-2004, đã chi trả tiền đền bù, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật trước ngày 1-7-2004; khi thực hiện chuyển sang giao đất có thu tiền sử dụng đất từ ngày 1-7-2004 trở về sau nhưng đến nay chưa hoàn thành nghĩa vụ về thu tiền sử dụng đất thì được trừ số tiền bồi thường về đất, hỗ trợ về đất theo phương án đã được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt hoặc giá trị quyền sử dụng đất theo mục đích đất nhận chuyển nhượng hợp pháp được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt vào tiền sử dụng đất phải nộp.